As decisões do personagem serão importadas de Mass Effect e Mass Effect 2 para manter continuidade à série. O jogo terá mais ou menos mil finais variáveis, por causa da quantidade de decisões que Shepard toma durante os dois primeiros títulos. Ao terminar o jogo, terá uma opção de New Game+, que deixará os jogadores recomeçarem a história, para poder coletar os itens que foram deixados ou esquecidos. Se os jogadores conseguiram interesse amoroso em Mass Effect e Mass Effect 2, então existirão dois interesses amorosos disputando a atenção de Shepard em Mass Effect 3, criando um triângulo amoroso, que será resolvido no final do jogo.

Novos locais serão introduzidos em Mass Effect 3, incluindo o planeta originário dos Salarian (Sur'Kesh), dos Asari (Thessia), dos Turian(Palaven), dos Quarian (Rannoch), uma estação humana de mineração em uma cratera de Marte, e uma cidade gigante da Terra, representando a combinação de Seattle e Vancouver. Os jogadores também poderão voltar para Tuchanka, o planeta originário dos Krogan, e Illium.

Em junho de 2011, a BioWare confirmou o retorno de diversos personagens. São eles: Illusive Man, Garrus Vakarian, Liara T'Soni, Kaidan Alenko or Ashley Williams, Legion, Tali'Zorah, Urdnot Wrex, Jack, Mordin Solus, Ambassador Udina, Captain Anderson, Zaeed Massani, Jacob Taylor e Miranda Lawson de Mass Effect e Mass Effect 2. Alguns personagens não voltarão se forem mortos em algum ponto dos jogos anteriores. O número de personagens disponíveis como companheiros de equipe será menor que em Mass Effect 2, para ajudar nos desenvolvimento de relações mais profundas e interação mais interessante, incluindo relações bissexuais tanto para Shepard masculino quanto feminino. BioWare também confirmou um novo personagem chamado James Vega.