Silent Hill Homecoming segue a história de Alex Shepherd, um soldado ferido numa guerra que foi recentemente liberado do hospital . No início do jogo, o jogador controla Alex durante um pesadelo que ele teve sobre o seu irmão mais novo, Josh, até Alex acordar no banco de carona do caminhão de Travis Grady, o protagonista de Silent Hill: Ørigins, que está levando-o de volta a sua cidade natal de Shepherd's Glen . A cidade, que recebeu o sobrenome de um antecessor antigo de Alex que ajudou a fundá-la , está agora coberta de névoa e está completamente deserta, com várias ruas quebradas. Ao chegar em casa, ele descobre que sua mãe está num estado próximo à catatonia, falando sobre seu pai ter saído em busca de Josh . Após prometer à sua mãe que encontraria Josh, Alex sai